Mutacje w COQ2 w rodzinnej i sporadycznej wielo-systemowej atrofii AD 5

Dlatego wybraliśmy Family 1, aby poddać się sekwencjonowaniu całego genomu. Podatność genów w chorobie rodzinnej
Sekwencjonowanie całego genomu próbki uzyskanej od uczestnika II-4, jednego z dwóch dotkniętych członków rodziny 1, wygenerowało 187,5 Gb krótkich odczytów, przy średnim pokryciu 58 × i 3 492 429 wariantów pojedynczych nukleotydów (SNV) lub insercji lub delecji . Przeanalizowaliśmy 3 492 429 wariantów do 4, wybierając SNV, które były zlokalizowane w regionach kandydujących zdefiniowanych w analizie sprzężeń w Family (regiony o najwyższym wyniku LOD obejmującym w przybliżeniu 80 Mb), które były zlokalizowane w eksonach lub miejscach składania, które Przewidywano, że będą powodować zmiany aminokwasowe lub zmiany w składaniu RNA przedtrianiowym i które nie zostały zarejestrowane w bazie danych polimorfizmów pojedynczych nukleotydów, build 130 (dbSNP130), co wskazuje, że warianty są niezwykle rzadkie w populacji ogólnej (ryc. S2B w dodatkowym dodatku). Oczekuje się, że każdy z tych 4 SNV będzie podstawiał substytucję aminokwasu: K707R (c.2120A . G) w SHROOM3 (sekwencja referencyjna NCBI, NM_020859.3), M128V (c.382A . G) i V393A (c.1178T . C) w COQ2 (sekwencja odniesienia NCBI, NM_015697.7) i R231G (c.691A . G) w SCEL (sekwencja odniesienia NCBI, NM_144777.2).
W 180 japońskich próbkach kontrolnych nie obserwowaliśmy SNV kodującego wariant M128V, ale obserwowaliśmy SNV kodujące K707R w SHROOM3, V393A w COQ2 i R231G w SCEL, które były obecne odpowiednio na 3, 5 i 98 360 alleli . Z tego względu rozważaliśmy SNP kodujący M128V w COQ2, który koduje parahydroksybenzoesan-poliprenylotransferazę, enzym biorący udział w biosyntezie koenzymu Q10, jako wariant będący kandydatem do nadawania wrażliwości na rodzinną atrofię wielu układów.
Analiza analizy próbek z rodziny wykazała, że dwaj dotknięci członkowie rodziny, uczestnicy II-4 i II-8, nosili homozygotyczny wariant M128V-V393A w COQ2, a nietknięte rodzeństwo, które było badane (uczestnik II-7) nie nosiło ten wariant (ryc. S2C w dodatku uzupełniającym). Mutacyjna analiza COQ2 w rodzinie 12 ujawniła heterozygotyczne mutacje składające się z nonsensu (R387X, c.1159C . T) i wariantów missense (V393A) u obu chorych rodzeństwa (uczestnicy II-3 i II-4). Ich matka (uczestnik I-2) była heterozygotyczna pod względem V393A, jedno nietknięte rodzeństwo (uczestnik II-1) nie miało tego wariantu, a inne niewrażliwe rodzeństwo (uczestnik II-2) było heterozygotyczne pod względem R387X. R387X nie zaobserwowano w 180 japońskich kontrolach.
Nie wykryliśmy wariantów COQ2 w pozostałych czterech rodzinach (Rodziny 2, 3, 4 i 8). Ponieważ COQ2 koduje enzym niezbędny do biosyntezy koenzymu Q10, dodatkowo sekwencjonujemy pozostałe 11 genów w szlaku biosyntezy dla koenzymu Q10 (PDSS1, PDSS2, COQ3, COQ4, COQ5, COQ6, COQ7, ADCK3, COQ9, COQ10A i COQ10B ) w pozostałych czterech rodzinach i we wcześniej opisanej rodzinie multipleksów14, ale nie zaobserwowano wariantów, które kosegregowały z chorobą.
Warianty COQ2 i choroba Sporadyczna
Tabela 1
[podobne: Rezonans Warszawa, operacja endometriozy, laryngolog wrocław ]

Tags: , ,

Comments are closed.

Powiązane tematy z artykułem: laryngolog wrocław operacja endometriozy Rezonans Warszawa